Специализираната администрация е организирана в 3 дирекции:
- 1. дирекция „Методология на контрола“;
- 2. дирекция „Контрол на медицинските дейности и специализиран медицински надзор“;
- 3. дирекция „Контрол на снабдяването и потреблението на лекарствените продукти в лечебните заведения“.