Главният секретар осъществява административното ръководство на агенцията, като:
- 1. осигурява организационната връзка между изпълнителния директор и административните звена;
- 2. организира разпределението на задачите между административните звена на агенцията и осъществява общ контрол по изпълнението им;
- 3. координира и контролира дейността по стопанисването и управлението на държавната собственост, предоставена на агенцията;
- 4. упражнява контрол върху документооборота и съхраняването на документите в архива на агенцията;
- 5. организира и ръководи информационното осигуряване;
- 6. организира и ръководи процеса на взаимодействие и координация с органите на изпълнителната власт;
- 7. изготвя ежегодно доклад до изпълнителния директор за състоянието на административната дейност в агенцията;
- 8. изпълнява други задачи, възложени му от изпълнителния директор.