(1) Изпълнителният директор се назначава с договор, който се сключва, изменя и прекратява от министъра на образованието и науката съгласувано с министър-председателя.
(2) Изпълнителният директор на агенцията е второстепенен разпоредител с бюджет към министъра на образованието и науката.