(1) Агенцията изпълнява функциите на управляващ орган на Оперативна програма "Наука и образование за интелигентен растеж" 2014 - 2020 г. (ОП "НОИР") и всички произтичащи от това задължения и отговорности съгласно националното законодателство и правото на Европейския съюз.
(2)(Нова - ДВ, бр. 67 от 2021 г., в сила от 17.08.2021 г.) Агенцията изпълнява функциите на управляващ орган на Програма "Образование" за програмен период 2021 - 2027 г. и всички произтичащи от това задължения и отговорности съгласно националното законодателство и правото на Европейския съюз.
(3)(Нова - ДВ, бр. 83 от 2023 г.) Агенцията изпълнява функциите на междинно звено по приоритетно направление 1 "Устойчиво развитие на националния капацитет за научни изследвания и иновации" и приоритетно направление 2 "Стимулиране на международното научно сътрудничество и участието в рамковите програми на ЕС" на Приоритет 1 "Устойчиво развитие на българската научноизследователска и иновационна екосистема" на Програма "Научни изследвания, иновации и дигитализация за интелигентна трансформация" (ПНИИДИТ) 2021 - 2027 г.
(4)(Нова - ДВ, бр. 83 от 2023 г.) Агенцията изпълнява дейности и/или функции на структура за наблюдение и докладване на инвестициите по стълб 1 "Иновативна България" по Националния план за възстановяване и устойчивост (НПВУ) на Република България, възложени с акт на министъра на образованието и науката.
(5)(Предишна ал. 2 - ДВ, бр. 67 от 2021 г., в сила от 17.08.2021 г., предишна ал. 3 - ДВ, бр. 83 от 2023 г.) Агенцията изпълнява функциите на междинно звено по приоритетни оси 3 и 4 на Оперативна програма "Развитие на човешките ресурси" 2007 - 2013 г. (ОП "РЧР") до приключване на програмата и произтичащите от това задължения.
(6)(Предишна ал. 3 - ДВ, бр. 67 от 2021 г., в сила от 17.08.2021 г., предишна ал. 4 - ДВ, бр. 83 от 2023 г.) Агенцията изпълнява и други дейности, произтичащи от задълженията по изпълнение, управление и контрол на програмни инструменти, подкрепящи науката и образованието, или възложени с акт на Министерския съвет или на министъра на образованието и науката.