(1) Агенцията е организирана в обща и специализирана администрация.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 24 от 2019 г., в сила от 22.03.2019 г., изм. - ДВ, бр. 20 от 2021 г., в сила от 09.03.2021 г., изм. - ДВ, бр. 67 от 2021 г., в сила от 17.08.2021 г., изм. - ДВ, бр. 83 от 2023 г.) Общата численост на персонала в административните звена на агенцията е 122 щатни бройки, разпределени по структурни звена съгласно приложението. Агенцията е структурирана в една главна дирекция и 5 дирекции.
(3) Общата администрация е организирана в дирекция "Финансово планиране, счетоводство и плащания" и дирекция "Администрация и управление".
(4) Специализираната администрация е организирана в една главна дирекция и 3 дирекции:
- 1. дирекция "Управление на риска и контрол";
- 2. дирекция "Програмиране, наблюдение и оценка";
- 3. дирекция "Подбор на проекти и договаряне";
- 4. Главна дирекция "Верификация".