Общата администрация е организирана в 4 дирекции:
- 1. дирекция “Правно-нормативна дейност и човешки ресурси”;
- 2. дирекция “Двустранно сътрудничество, протокол и информационно обслужване”;
- 3. дирекция “Финансово-счетоводни дейности и управление на собствеността”;
- 4. дирекция “Управление при кризи и отбранително-мобилизационна подготовка”.