Специализираната администрация подпомага и осигурява осъществяването на правомощията на министъра и е организирана в 6 дирекции, както следва:
- 1. дирекция “Проекти, структурна реформа и управление на държавното участие”;
- 2. дирекция “Енергийна стратегия”;
- 3. дирекция “Европейска интеграция, международно сътрудничество и управление на донорски програми”;
- 4. дирекция “Електроенергетика и топлоенергетика”;
- 5. дирекция “Енергийни ресурси”;
- 6. дирекция “Ядрена енергетика и ядрена безопасност”.