(1) Финансовият контрольор е на пряко подчинение на председателя.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 8 от 2012 г., в сила от 27.01.2012 г.) Финансовият контрольор осъществява предварителен контрол за законосъобразност съгласно чл. 13, ал. 3, т. 5 от Закона за финансовото управление и контрол в публичния сектор.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 8 от 2012 г., в сила от 27.01.2012 г.) Финансовият контрольор осъществява своята дейност по ред, определен от председателя на агенцията, в съответствие с указанията на министъра на финансите.