(1) Агенцията се ръководи и представлява от председател, който се определя с решение на Министерския съвет и се назначава от министър-председателя.
(2) Председателят е едноличен орган на изпълнителната власт със специална компетентност съгласно Закона за Националния архивен фонд, който ръководи, координира и контролира осъществяването на държавната политика в областта на архивното дело в Република България.