Центърът е структуриран в четири отдела:
- 1. Отдел “Научно осигуряване на контролни дейности в средното образование”;
- 2. Отдел “Организиране и провеждане на контролни дейности”;
- 3. Отдел “Мониторинг и информация за качеството на висшето образование”;
- 4. Отдел “Административно-правно, финансово-счетоводно и информационно обслужване”.