Специализираната администрация е организирана във:
- 1.(доп. - ДВ, бр. 74 от 2014 г., изм. - ДВ, бр. 44 от 2015 г.) дирекция "Надзор на пазара и инспекции";
- 2. дирекция "Разрешения за употреба на лекарствени продукти";
- 3. дирекция "Анализи на лекарствените продукти";
- 4.(изм. - ДВ, бр. 44 от 2015 г.) дирекция "Проследяване на лекарствената безопасност и клинични изпитвания";
- 5. дирекция "Контрол на трансфузионната система";
- 6.(отм. - ДВ, бр. 74 от 2014 г., нова - ДВ, бр. 44 от 2015 г.) дирекция "Лекарствена информация и неинтервенционални проучвания".
- 7.(нова - ДВ, бр. 83 от 2011 г., отм. - ДВ, бр. 44 от 2015 г.)