Специализираната администрация е организирана в 3 дирекции:
- 1. дирекция „Контрол върху медицинското обслужване в лечебните заведения“;
- 2. дирекция „Контрол по спазване правата на пациентите“;
- 3. дирекция „Контрол върху здравните дейности и услуги, осигурявани от Националната здравноосигурителна каса и застрахователните дружества“.