Главният секретар осъществява административното ръководство на агенцията, като:
- 1. осигурява организационната връзка между изпълнителния директор и административните звена;
- 2. организира разпределението на задачите между административните звена на агенцията и осъществява общ контрол по изпълнението им;
- 3. утвърждава длъжностните характеристики на служителите в администрацията;
- 4. координира и контролира дейността по стопанисването и управлението на държавната собственост, предоставена на агенцията;
- 5. упражнява контрол върху документооборота и съхраняването на документите в архива на агенцията;
- 6. организира и ръководи информационното осигуряване;
- 7. организира и ръководи процеса на взаимодействие и координация с органите на изпълнителната власт;
- 8. организира работата с предложения и сигнали по реда на глава осма от Административнопроцесуалния кодекс;
- 9. организира, координира и контролира изготвянето на годишния доклад за състоянието на агенцията;
- 10. осъществява и други дейности, възложени от изпълнителния директор.