(1) Общата администрация в агенцията е организирана в две дирекции: дирекция “Финансово-стопански дейности” и дирекция “Административно-правно обслужване и човешки ресурси”.
(2) Специализираната администрация в агенцията е организирана в 6 дирекции: дирекция “Горско стопанство”, дирекция “Ловно стопанство”, дирекция “Охрана на горите”, дирекция “Горска политика”, дирекция “Информационни дейности” и дирекция “Стопански дейности в държавния горски фонд”.