Специализираната администрация е организирана в 3 дирекции:
- 1. дирекция „Контрол върху медицинското обслужване в лечебните заведения“;
- 2. дирекция „Осигурителни права и права на пациента“;
- 3. дирекция „Осигуряване на качество и анализи“.