Специализираната администрация е организирана във:
- 1. дирекция “Организационно развитие на административните структури”;
- 2. дирекция “Управление на човешките ресурси в държавната администрация”;
- 3. дирекция “Инспекторат за държавната администрация”;
- 4. дирекция “Административно регулиране и обслужване”;
- 5. дирекция “Електронно правителство”;
- 6. дирекция “Управление на проекти и програми”;
- 7. дирекция “Европейска координация и международно сътрудничество”;
- 8. дирекция “Регионална координация”.