Главният секретар:
- 1. създава организационни условия за работа на звената в агенцията;
- 2. контролира и отговаря за работата с документите, за съхраняването им и за опазването на служебната тайна;
- 3. осъществява контрол по сроковете за изпълнение на решенията на органите на управление на агенцията;
- 4. организира управлението и стопанисването на държавното имущество, ползвано от агенцията, в съответствие с решенията на нейните органи за управление;
- 5. ръководи и организира въвеждането и функционирането на автоматизираните системи в работата на агенцията;
- 6. координира оперативното взаимодействие с администрацията на Министерския съвет, с други органи на изпълнителната власт и с неправителствени организации;
- 7. организира работата с предложенията и сигналите в съответствие с разпоредбите на глава осма от Административнопроцесуалния кодекс;
- 8. утвърждава длъжностните характеристики на служителите на агенцията съгласно чл. 2, ал. 5 от Закона за държавния служител;
- 9. отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията.