(1) Дейността на Центъра е структурирана в два отдела: отдел "Квалификация" и отдел "Административно-правно и финансово-стопанско осигуряване".
(2) Отделите се ръководят от началник-отдел, който се назначава и освобождава от директора на Центъра по реда на Кодекса на труда.