Специализираната администрация е организирана в 6 дирекции:
- 1. дирекция "Енергийни стратегии и политики за устойчиво енергийно развитие";
- 2. дирекция "Изпълнение на проекти в енергетиката";
- 3. дирекция "Природни ресурси, концесии и контрол";
- 4. дирекция "Връзки с обществеността, протокол и международно сътрудничество";
- 5. дирекция "Сигурност на енергоснабдяването и управление при кризисни ситуации";
- 6. дирекция "Управление на публичните предприятия в енергетиката".