Общата администрация на Фонда е организирана в:
- 1. дирекция "Човешки ресурси";
- 2. дирекция "Административно-стопанско обслужване";
- 3. дирекция "Връзки с обществеността, протокол и координация";
- 4. дирекция "Обществени поръчки";
- 5. дирекция "Правна";
- 6. дирекция "Интегрирани информационни системи".