(1) Службата е организирана в следните структури: Ръководство в град София, регионални служби "Военна полиция" със седалища в градовете: София, Пловдив, Сливен, Варна и Плевен, и Център по логистика и подготовка в гр. София.
(2) Ръководството на Службата е организирано в структурни звена, които може да са дирекции, отдели и сектори.
(3) Регионалните служби "Военна полиция" и Центърът по логистика и подготовка са организирани в структурни звена, които са отдели и сектори. В отделите и секторите могат да се създават и други структурни звена.
(4) В регионалните служби "Военна полиция" могат да се създават териториални звена в съответната зона за отговорност по чл. 9, ал. 2.