(1) Службата се ръководи и представлява от директор, който е пряк началник на целия личен състав на Службата.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 13 от 2021 г., в сила от 16.02.2021 г.) За директор на Службата се назначава военнослужещ, който притежава не по-малко от 10-годишен професионален опит в системата за защита на националната сигурност или въоръжените сили и отговаря на останалите изисквания за заемане на длъжността, определени съгласно действащото законодателство, утвърдените от министъра на отбраната длъжностни разписания и длъжностната характеристика.
(3) Директорът на Службата е непосредствено подчинен на министъра на отбраната.
(4) Министърът на отбраната разрешава ползването на отпуск на директора на Службата.