(Изм. - ДВ, бр. 6 от 2019 г., в сила от 18.01.2019 г., изм. - ДВ, бр. 40 от 2023 г., в сила от 05.05.2023 г.) Предприятието е организирано в две основни направления на дейност и структурни звена на пряко подчинение на генералния директор, както следва:
- 1. звено за вътрешен одит;
- 2. дирекция "Финанси и счетоводство";
- 3. дирекция "Правна";
- 4. дирекция "Безопасност и качество";
- 5. отдел "Управление на проекти"; 5а. (нова - ДВ, бр. 40 от 2023 г., в сила от 05.05.2023 г.) дирекция "Човешки ресурси и административно обслужване"; 5б. (нова - ДВ, бр. 40 от 2023 г., в сила от 05.05.2023 г.) дирекция "Управление на собствеността и обществени поръчки"; 5в. (нова - ДВ, бр. 40 от 2023 г., в сила от 05.05.2023 г.) отдел "Сигурност и защита";
- 6.(отм. - ДВ, бр. 40 от 2023 г., в сила от 05.05.2023 г.)
- 7. направление "Оперативна дейност";
- 8. направление "Техническа дейност".