Управителният съвет:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 54 от 1997 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 1999 г., изм. - ДВ, бр. 48 от 2000 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2002 г., изм. - ДВ, бр. 78 от 2005 г., в сила от 01.10.2005 г., изм. - ДВ, бр. 62 от 2007 г., в сила от 19.07.2007 г., изм. - ДВ, бр. 71 от 2008 г., изм. - ДВ, бр. 55 от 2017 г., в сила от 07.07.2017 г., изм. - ДВ, бр. 53 от 2022 г., в сила от 08.07.2022 г., изм. - ДВ, бр. 9 от 2024 г., в сила от 01.02.2024 г.) се състои най-малко от 11 души, като в него по право се включват: заместник-министър на околната среда и водите, който е и заместник-председател на Управителния съвет; по един представител на Министерството на финансите; Министерството на регионалното развитие и благоустройството; Министерството на икономиката и индустрията; Министерството на транспорта; Министерството на земеделието и храните; Министерството на здравеопазването; Българската академия на науките и на неправителствена екологична организация, която не е регистрирана като политическа партия и предметът на дейността и обхваща комплексно проблемите на околната среда;
- 2. определя политиката в дейността на фонда в съответствие с Националната екологична стратегия;
- 3. определя критериите за избор на екологичните проекти, финансирани от фонда;
- 4. утвърждава образците на документите за кандидатстване за финансиране от фонда;
- 5. утвърждава условията и процедурите за отпускане на средства от фонда, както и образците на документите за оформяне предоставянето на средствата;
- 6.(изм. - ДВ, бр. 64 от 2002 г.) одобрява годишния план и приема годишния отчет за дейността на НФООС;
- 7. взема решения за разходването на средствата по размер, обекти, задачи и др.;
- 8. взема решения за най-ефективното стопанисване на свободните парични средства по фонда;
- 9. осъществява контрол върху набирането и разходването на средствата по общинските фондове за опазване на околната среда.