Управителният съвет взема решенията си за разходване на средствата въз основа на:
- 1. държавната политика в областта на опазването на околната среда;
- 2.(изм. - ДВ, бр. 54 от 1997 г.) годишните програми за работа на Министерството на околната среда и водите;
- 3. решенията на правителството по екологични проблеми;
- 4.(изм. - ДВ, бр. 54 от 1997 г.) решенията на Висшия експертен екологичен съвет към Министерството на околната среда и водите;
- 5.(нова - ДВ, бр. 72 от 1996 г.) решенията по екологични проблеми на Съвета по регионална политика, трансгранични инфраструктурни системи и местни власти и на други съвети към Министерския съвет.