(1) Главният секретар:
- 1. осигурява организационната връзка между председателя и административните звена в агенцията, както и между административните звена;
- 2. организира разпределението на задачите между административните звена, като създава условия за ефективна работа;
- 3. осъществява общия контрол за изпълнението на възложените задачи;
- 4. ръководи процеса по въвеждането на автоматизирани системи в работата на администрацията;
- 5. координира и контролира управлението на ползваните за административни нужди недвижими имоти и движими вещи, предоставени на агенцията;
- 6. утвърждава длъжностните характеристики на служителите;
- 7. организира подготовката на бюджета на агенцията;
- 8. изготвя ежегоден доклад за дейността на администрацията, който се представя за утвърждаване от председателя;
- 9. представлява агенцията в случаите, в които е упълномощен изрично от председателя по проблеми, свързани с функционирането на администрацията;
- 10. изпълнява и други задачи, възложени му от председателя.
(2) При отсъствие на главния секретар неговите функции за всеки конкретен случай се изпълняват от определен от председателя на агенцията директор на дирекция.