Специализираната администрация е организирана в четири дирекции:
- 1. дирекция “Европейска интеграция и международна дейност”;
- 2. дирекция “Политика в съобщенията”;
- 3. дирекция “Информационно общество и информационни технологии”;
- 4. дирекция “Иновации и управление на проекти”.