(1) Структурата на Агенцията включва главен секретар, инспекторат, звено за вътрешен одит, финансов контрольор, звено по защита на класифицираната информация, сигурност и отбранително-мобилизационна подготовка (ОМП), експерт за връзки с обществеността, обща администрация, организирана в 3 дирекции, и специализирана администрация, организирана в една главна дирекция и 6 дирекции.
(2) Общата численост на персонала и числеността на отделните организационни структури и административните звена на Агенцията е посочена в приложението.