Специализираната администрация е организирана във:
- 1. Главна дирекция “Земеделие и гори” с 28 териториални звена - областни дирекции “Земеделие и гори” и общински служби по земеделие и гори;
- 2. дирекция “Поземлени отношения”;
- 3. дирекция ”Търговски дружества с държавно участие”;
- 4. дирекция “Инвестиционна политика”;
- 5. дирекция “Европейска интеграция и международни отношения”;
- 6. дирекция “Европейски и международни програми и проекти”;
- 7. дирекция “Развитие на селските райони”;
- 8. дирекция “Аграрно развитие”;
- 9. дирекция “Безопасност и контрол на храни и фуражи”;
- 10. дирекция “Агростатистика”;
- 11. дирекция “Маркетинг и регулаторни режими”;
- 12. дирекция “Наука и образование”.