Централната администрация на агенцията се състои от:
- 1. дирекция „Вътрешен одит“;
- 2. дирекция „Международна дейност, пресцентър и обществена информация“;
- 3. дирекция „Правна, отчуждаване и управление на собствеността“;
- 4. дирекция „Бюджет, финанси и разплащания по проекти“;
- 5. дирекция „Управление на проекти, финансирани с кредитни и бюджетни инвестиции“;
- 6. дирекция „Инвестиционно проектиране, технически норми и правила“;
- 7. дирекция „Експлоатация и поддържане на републиканската пътна мрежа“;
- 8. дирекция „Изпълнение на проекти по Оперативна програма „Регионално развитие“ и по програмите за териториално сътрудничество на Европейския съюз“;
- 9. дирекция „Изпълнение на проекти по Оперативна програма „Транспорт“ и Кохезионния фонд“;
- 10. дирекция „Обществени поръчки и публично-частно партньорство“;
- 11. дирекция „Анализ на риска и оперативен контрол“;
- 12. дирекция „Пътни такси и разрешения за специално ползване на пътищата“;
- 13. дирекция „Административно-информационно обслужване“.