(1) Организацията на работата в агенцията се осъществява по реда на правилника и в съответствие с вътрешните правила за работа в администрацията, които се утвърждават от председателя на агенцията по предложение на главния секретар.
(2) Председателят на агенцията по предложение на главния секретар издава Инструкция за деловодната дейност и документооборота и Инструкция за охраната и пропускателния режим на агенцията.