(1) Общата администрация в агенцията е организирана в две дирекции: дирекция “Финансово-стопански дейности” и дирекция “Административно-правно обслужване и човешки ресурси”.
(2) Специализираната администрация в агенцията е организирана в 5 дирекции: дирекция “Горско стопанство и природозащитни дейности”, дирекция “Ловно стопанство”, дирекция “Охрана на горите, дивеча и рибните ресурси, ползвани за любителски риболов”, дирекция “Наука, образование и международна дейност” и дирекция “Информационно обслужване и връзки с обществеността”.