(1) Агенцията е организирана в дирекции, които подпомагат изпълнителния директор при осъществяване на правомощията му, осигуряват технически дейността му и извършват дейности по административното обслужване на физическите и юридическите лица.
(2) Общата численост на персонала в агенцията е:
- 1. до 31 август 2005 г. - 140 щатни бройки, разпределени съгласно приложение № 1;
- 2. от 1 септември 2005 г. - 68 щатни бройки, разпределени съгласно приложение № 2.
(3) Структурата на звената в агенцията и длъжностното разписание се утвърждават от изпълнителния директор по предложение на главния секретар в рамките на утвърдената численост.