Агенцията осъществява териториалната си компетентност чрез дирекции, както следва:
- 1. дирекция “Пристанищна администрация - Варна” с район морските пространства на страната, заключени между географския паралел от точката на сухоземната българо-румънска граница и този на нос Емине;
- 2. дирекция “Пристанищна администрация - Бургас” с район морските пространства на страната, заключени между географския паралел от точката на нос Емине и този на българо-турската граница;
- 3. дирекция “Пристанищна администрация - Русе” с район, определен от километър 374,100 (българо-румънската граница) до километър 645 от българския участък на р. Дунав;
- 4. дирекция “Пристанищна администрация - Лом” с район, определен от километър 645 до километър 845,650 (българо-сръбската граница) от българския участък на р. Дунав.