(1) Административното ръководство на агенцията се осъществява от главен секретар, назначен от изпълнителния директор.
(2) Главният секретар:
- 1. организира и координира оперативното изпълнение на общите задачи, възложени на общата и специализираната администрация в изпълнение на разпорежданията на изпълнителния директор;
- 2. подготвя ежегодния доклад на изпълнителния директор за дейността на агенцията;
- 3. организира подготовката на проекта на бюджет на агенцията;
- 4. създава условия за нормалната и ефективна работа в агенцията и осъществява контрол по изпълнението на възложените задачи;
- 5. утвърждава длъжностните характеристики на работещите в агенцията;
- 6. предлага за утвърждаване от изпълнителния директор структурата на дирекциите в агенцията.
(3) При отсъствие на главния секретар на агенцията неговите функции за всеки конкретен случай се изпълняват от определен от изпълнителния директор служител в агенцията.