(1) Агенцията е организирана в дирекции от общата и специализираната администрация, които подпомагат изпълнителния директор при осъществяване на правомощията му, осигуряват технически дейността му и извършват дейности по административното обслужване на физическите и юридическите лица.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 92 от 2015 г., в сила от 01.01.2016 г.) Общата численост на персонала в Агенцията е 245 щатни бройки, разпределени съгласно приложението.
(3) Структурата на звената в Агенцията и длъжностното разписание се утвърждават от изпълнителния директор по предложение на главния секретар в рамките на утвърдената численост.