(1) Административното ръководство на Агенцията се осъществява от главен секретар.
(2) Главният секретар:
- 1. организира дейността на Агенцията;
- 2. координира оперативното изпълнение на общите задачи, възложени на общата и специализираната администрация;
- 3. подготвя ежегодния доклад на изпълнителния директор за дейността на Агенцията;
- 4. организира подготовката на проекта на бюджет на Агенцията;
- 5. утвърждава длъжностните характеристики на работещите в Агенцията;
- 6. създава условия за нормалната и ефективна работа в Агенцията и осъществява контрол по изпълнението на възложените задачи.
(3) При отсъствие на главния секретар неговите функции се изпълняват от директор на дирекция, определен от изпълнителния директор.