(1) Агенцията осъществява териториалната си компетентност в областта на пристанищата, осигуряване на безопасността и сигурността на корабоплаването и опазването на околната среда от замърсяване от кораби чрез дирекции, както следва:
- 1. дирекция "Морска администрация - Варна" с район, заключен между географския паралел от точката на сухоземната българо-румънска граница и този на нос Емине;
- 2. дирекция "Морска администрация - Бургас" с район, заключен между географския паралел от точката на нос Емине и този на българо-турската граница;
- 3. дирекция "Речен надзор - Русе" с район, определен от километър 374,100 (българо-румънската граница) до километър 645 от българския участък на р. Дунав;
- 4. дирекция "Речен надзор - Лом" с район, определен от километър 645 до километър 845,650 (българо-сръбската граница) от българския участък на р. Дунав.
(2) Дирекциите по ал. 1 изпълняват функциите на инспекторат по смисъла на КТК и международните договори в областта на корабоплаването, по които Република България е страна, ратифицирани и влезли в сила по предвидения от закона ред.