(Изм. - ДВ, бр. 2 от 2024 г., в сила от 01.01.2024 г.) Специализираната администрация е организирана в:
- 1. Главна дирекция "Услуги по заетостта", която включва териториалните поделения на Агенцията - дирекциите "Бюро по труда";
- 2. Главна дирекция "Европейски фондове и международни връзки";
- 3. Главна дирекция "Мониторинг, статистика и контрол";
- 4. дирекция "Разрешителни и трудова миграция".