(1)(Изм. - ДВ, бр. 2 от 2024 г., в сила от 01.01.2024 г.) Структурата на Агенцията е организирана в обща администрация, специализирана администрация, дирекция "Вътрешен одит", финансови контрольори, звено "Сигурност на информацията", звено "Мрежова и информационна сигурност" и териториални поделения.
(2) Общата численост на персонала и структурата на Агенцията са посочени в приложение № 1.