Специализираната администрация е структурирана в 5 дирекции, както следва:
- 1. дирекция “Хармонизация и методология на одитната дейност”;
- 2. дирекция “Организация и координация на контролната дейност”;
- 3. дирекция “Одит и сертификация на средствата от Европейския съюз”;
- 4. дирекция “Правно осигуряване на контролната дейност и нормативни актове”;
- 5. дирекция “Европейска интеграция и международно сътрудничество”.