(1) Агенцията се ръководи и представлява от директор.
(2) Директорът на агенцията е едноличен орган на изпълнителната власт, който се назначава от министъра на финансите съгласувано с министър-председателя по трудово правоотношение за срок 4 години без ограничения в броя на преназначаванията.
(3) Директорът на агенцията се освобождава от министъра на финансите съгласувано с министър-председателя преди изтичането на срока по ал. 2:
- 1. по негова писмена молба;
- 2. при обективна невъзможност да изпълнява задълженията си, продължила повече от 6 месеца;
- 3. когато е осъден за умишлено престъпление от общ характер или е лишен по съдебен ред от правото да заема съответната длъжност;
- 4. при грубо и системно нарушаване на Закона за държавния вътрешен финансов контрол (ЗДВФК) или на нормативните актове по прилагането му;
- 5. при системно неизпълнение на задълженията си.
(4) Директорът на агенцията:
- 1. ръководи, координира и контролира изпълнението на функциите на агенцията, както и връзките й с други органи и организации;
- 2. представлява агенцията и организира международните й връзки;
- 3. планира, разпределя и контролира използването на предоставените бюджетни средства на агенцията;
- 4. сключва договори, свързани с осъществяването на дейността на агенцията;
- 5. утвърждава длъжностното разписание и поименното разписание на длъжностите и работните заплати;
- 6. назначава и освобождава държавните служители в агенцията;
- 7. сключва, изменя и прекратява трудовите договори в агенцията;
- 8. осигурява условия за повишаване на професионалната квалификация на служителите в агенцията;
- 9. ръководи атестирането на органите и служителите в агенцията;
- 10. предлага на министъра на финансите или на упълномощени от него длъжностни лица да определят органите и служителите, които имат право на добавка за работа в агенцията, както и индивидуалния й размер съгласно чл. 13, ал. 3 ЗДВФК;
- 11. изготвя и представя на министъра на финансите ежегоден доклад за дейността на агенцията;
- 12. изпълнява и други функции, произтичащи от разпоредбите на ЗДВФК и правилника за прилагането му, както и възложени му с друг закон или нормативен акт.
(5) Правомощията на директора на агенцията при негово отсъствие или когато ползва законоустановен отпуск, се осъществяват въз основа на негова писмена заповед от заместник-директора или от друг овластен за всеки отделен случай служител на ръководна длъжност.
(6) Директорът на агенцията може да възлага с писмена заповед на заместник-директора изпълнението на правомощията си по чл. 9, ал. 1 ЗДВФК.