Общата администрация в Централното митническо управление на агенцията е организирана във:
- 1. дирекция "Финанси, управление на собствеността и обществени поръчки";
- 2. дирекция "Управление на човешките ресурси";
- 3. дирекция "Административно обслужване и комуникации";
- 4. дирекция "Правно-нормативна".
- 5.(отм. - ДВ, бр. 82 от 2022 г., в сила от 01.11.2022 г.)