(1) Агенцията е структурирана в Централно митническо управление и в териториални дирекции: Митница Пловдив, Митница София, Митница Русе, Митница Варна и Митница Бургас.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 82 от 2022 г., в сила от 01.11.2022 г.) Администрацията на Централното митническо управление на агенцията е организирана в 4 дирекции обща администрация, 7 дирекции специализирана администрация, инспекторат, длъжностно лице по защита на личните данни, звено по сигурността, звено по мрежова и информационна сигурност и звено за вътрешен одит.