Специализираната администрация в Централното митническо управление на агенцията е организирана във:
- 1. дирекция "Митническо разузнаване и разследване";
- 2. дирекция "Информационни системи и аналитична дейност";
- 3. дирекция "Митническа дейност и методология";
- 4. дирекция "Акцизна дейност и методология";
- 5. дирекция "Последващ контрол";
- 6. дирекция "Централна митническа лаборатория";
- 7. дирекция "Международна дейност".